O Goytacaz foi fundado no dia 20 de agosto de 1912, a partir de um desentendimento de um grupo de remadores do clube Natação de Regatas Campista, que tiveram negado um pedido de barco para passear no Rio Paraíba. O nome do clube foi uma homenagem aos primeiros habitantes da cidade de Campos: os índios goytacazes, que segundo o Historiador Eduardo Bueno, eram os mais ferozes índios do atual território conhecido como Brasil, além de exímios nadadores, o que lhes dava uma vantagem extra nas batalhas.
A primeira diretoria do Goytacaz foi formada assim: Luiz Carlos Cabral (presidente), Roberto Melo (vice-presidente), Otto Nogueira (1º tesoureiro), Jaime Rego (2º tesoureiro), Rudah Martins (1º secretário), Álvaro Nogueira (2º secretário), João Cunha (fiscal) e Manoel Patrão (procurador) e também ficou decidido, ainda, que a casa de Otto Nogueira, situada à Rua 21 de Abril, nº. 14, no centro da cidade, ficaria sendo provisoriamente a sede do novo clube.
A primeira partida foi em 25 de Agosto de 1912 contra o Internacional e a equipe alvi-anil venceu por 2 x 1 e o time jogou com: Claudinier, Mário Manhães e Catete, Álvaro Nogueira, Estevam Almeida, e Adelino, Laranjeira, Linconl, Jorge Gomes, Didi e Otto Nogueira.
O primeiro campo do Goytacaz foi defronte à igreja de Santo Antônio, em Guarus e, por isso, o santo é considerado o padroeiro do time. Mais tarde o campo passou para a Praça da República, onde a Prefeitura Municipal cedeu um terreno, mas ali o clube não ficaria por muito tempo, pois logo se mudaria para perto do Liceu de Humanidades, no antigo campo do Luso Brasileiro, no mesmo terreno onde, mais tarde, seria construído o palacete de Finazinha de Queirós, transformado após a sua morte na Casa de Cultura Villa Maria.O clube, porém, mudaria novamente e, dessa vez, se estabeleceria em frente à linha férrea campista, no início da Rua do Gás, na Lapa. Foi nesse campo que o Goyta tornou-se, definitivamente, um dos maiores times da cidade, chegando a ter ali mesmo o primeiro campo com iluminação elétrica do interior do Estado, em 05 de junho de 1930, o que causou muita polêmica, já que a cidade vivia sérios problemas de abastecimento de energia.
O estádio Ary de Oliveira e Souza foi inaugurado em 9 de janeiro de1938 com uma partida entre os donos da casa, que venceram por 2 x 1 o Internacional, tendo sido um de seus fundadores, Otto Nogueira, o autor do primeiro gol no estádio, cuja inauguração se deu na gestão do então presidente Augusto Alexandre de Faria.
O Goytacaz foi o primeiro time do antigo Estado do Rio a jogar no Estádio Jornalista Mário Filho, o Maracanã. Isso aconteceu em novembro de 1963, contra a equipe carioca do Madureira e a partida terminou empatada em 2 x 2.
O Goytacaz foi o primeiro campeão da cidade de Campos dos Goytacazes, isto em 1914. O clube conquistou vinte campeonatos campistas, sendo o de 1955 de forma invicta, além de ter sido o primeiro tetracampeão (1940 / 41 / 42 / 43), levantou duas taças Cidade de Campos e cinco campeonatos estaduais (antigo campeonato Fluminense - 55 / 63 / 66 / 67 / 78).
Em campeonatos brasileiros, a melhor performance do Goytacaz na primeira divisão foi em 1978, quando conquistou o 30° lugar, entre 74 participantes. Em 1985 foi vice-campeão da Taça de Prata, equivalente a segunda divisão nacional.
O Estádio Ary de Oliveira e Souza teve o seu recorde de público em 13 de abril de 1986, quando 14.708 pagantes estiveram presentes para assistir ao jogo entre o Goytão e o grande time do Flamengo, com Zico e Cia, pelo campeonato carioca daquele mesmo ano.
O Goytacaz foi o primeiro clube campista a ter um jogador na seleção brasileira, Amaro da Silveira, titular absoluto no Sul Americano de 1923 e que deixaria um outro craque como seu herdeiro, Amarildo, “o possesso”, campeão do mundo em 1962 no Chile.
Os presidentes do Goytacaz foram: Luís Cabral, Vicente do Amparo Ferraiuolli, Osvaldo Cunha, Luís Sérgio Silva, Francisco Carvalhal, Augusto Faria, Salim Nagem, Ary de Oliveira e Souza, Dr. Jacintho Simões, Martinho Santafé, Domingos Guimarães, Abelardo Brito, Antônio Ribeiro Alvarenga Filho, Gumercindo Freitas, Sebastião Lírio, José Gabriel, Nilson Cardoso de Souza, Salvador Araújo Nunes, Edson Alvarenga, Antônio José Coutinho, Jacynto Simões , Ramiro Alves Pessanha Filho, Rubens Vieira Rios, Roberto Krunfly, Rafael Martins, Edecyr de Oliveira, Jorge Fernandes de Souza, Amaro Escovedo, Amaro Gimenes, Arizo Azevedo, Manoel Santana, Antônio Eraldo Lopes Riscado, Armando Zanata, Silvio Pinheiro, Dartagnan Fernandes , Valtair de Almeida, Zander Pereira e atualmente quem comanda o clube é o presidente José Luiz Dutra Cardoso, que assumiu em 20 de agosto de 2010.
Em 2006, o Goytacaz conquistou acesso ao Campeonato Carioca da 1ª Divisão do ano seguinte, ao terminar em quarto lugar na Seletiva. Nesta Seletiva os públicos do Goytacaz ficaram entre 3.000 e 4.000 pessoas por partida. No jogo final, contra a Portuguesa, no Rio de Janeiro, 1.300 torcedores viajaram mais de 300 km para incentivar o clube campista. Posteriormente, a Justiça não reconheceu a validade jurídica do torneio, não permitindo o acesso dos clubes que haviam conquistado as vagas dentro do campo.
